Под влиянием идей Реформации Орден крестоносцев был распущен в Пруссии в 1525 году, а на его землях последний великий магистр Ордена Альбрехт Гогенцоллерн учредил светское герцогство со столицей в Кенигсберге. Официальной религией нового государства стало лютеранство. Для преодоления католических традиций требовались лютеранские проповедники, школьные учителя. Герцог Альбрехт нуждался также в государственных чиновниках, дипломатах, врачах. Для этих целей он основал в 1544 году (17 августа) в Кёнигсберге университет, ставший вторым по возрасту (после университета во Франкфурте-на-Одере) академическим заведением Пруссии и Бранденбурга. Первым ректором университета был Георг Сабинус. В 1862 году университет переехал в новое здание на площади "Paradeplatzt".