Торжественное открытие органного комплекса в Кафедральном соборе состоялось 10 января 2008 года. Органный комплекс состоит из Малого (хорового) органа, который установили в 2006 году, и Большого органа, воссозданного в декабре 2007 года по чертежам довоенного времени мастерами немецкой фирмы «Александр Шуке». Декоративная часть инструмента оформлена художественной резьбой и движущимися фигурами, выполненными калининградскими краснодеревщиками. У Большого органа 4 мануала, 90 регистров и 8500 труб. Органный комплекс оборудован компьютерными системами регистровых комбинаций. Оба органа собора соединены оптико-волоконной связью.